نرم افزار آنالیز داده های ژنتیکی GDA

 

(Genetic Data Analysis) GDA یکی از نرم افزارهای مشهور برای آنالیز داده های ژنتیک جمعیت (هاپلوئید و دیپلوئید) است. از ویژگی های این نرم افزار می توان به موارد زیر اشاره کرد:

 1- محاسبه آماره های توصیفی مانند:

 تعداد الل ها در هر لوکوس-تعداد آلل ها در هر لوکوس پلی مورفیک-هتروزیگوسیتی مشاهده شده و قابل انتظار-اندازه نمونه ها، شاخص تثبیت (F) و آلل های فردی

 2- رسم دندروگرام بر اساس بوت استراپ (Bootstrap) و معیارهای کلاستربندی UPGMA و Neighbor joining

 3- ترسیم ماتریس های فاصله و شباهت

 4- محاسبه شاخص عدم تعادل لینکاژی (Linkage Disequilibrium) برای جمعیت

 

دانلود نرم افزار:

 http://www.eeb.uconn.edu/people/plewis/downloads/gda-1.1.win32.zip

 

زبان برنامه نویسی Perl برای بیوانفورماتیک دان ها

یکی از مهمترین زبان های برنامه نویسی که به طور گسترده برای آنالیز داده های زیستی استفاده می شود، Perl است. از جمله ویژگی هایی که باعث محبوبیت آن در حوزه بیوانفورماتیک شده است می توان به موارد زیر اشاره کرد:

1- رایگان است

2- برنامه نویسی با آن آسان و سریع است.

3- اسکریپت های بسیار زیاد و آماده برای اکثر آنالیزهای رایج وجود دارد مانند bioPerl.

4- امکان تولید برنامه در کوتاهترین زمان وجود دارد.

 

برای دانلود زبان برنامه نویسی پرل به لینک زیر مراجعه فرمایید:

http://www.perl.org/get.html

برای آموزش پرل (شامل کتاب های رایگان، فیلم، پاورپوینت و ...) به لینک زیر مراجعه فرمایید:

http://www.perl.org/learn.html

دانلود فایل آموزش فارسی Perl:

http://setareh.netau.net/pics/bioinformatic/perl.pdf

دانلود مثال هایی از کدهای آماده:

http://www.pitt.edu/~mcs2/teaching/perl/code.html

دانلود پروژه های آماده:

http://www.pitt.edu/~mcs2/teaching/perl/projects.html

دانلود پاورپوینت های مرتبط:

http://www.pitt.edu/~mcs2/teaching/perl/ppt.html