Gene Runner

Gene Runner نرم افزاری بسیار خوب و رایگان برای آنالیز توالی DNA است. از قابلیت های مهم این نرم افزار می توان به موارد زیر اشاره کرد:

فراهم کردن اطلاعات مفید و خصوصیات توالی (annotation)

جستجوی توالی های DNA برای مکان های برشی

جستجوی توالی های پروتئینی برای مکان های برشی پپتیداز

ترجمه DNA به توالی پروتئین و جستجوی ORF

طراحی پرایمر برای PCR و توالی یابی

امکان ترازبندی چندگانه توالی (multiple sequence alignments)

 

این نرم افزار را می توانید بصورت رایگان از لینک زیر دانلود نمایید:

http://www.generunner.net/GeneRunner.msi (برای ویندوز 32 بیتی)

http://www.generunner.net/GeneRunnerx64.msi (برای ویندوز 64 بیتی)

 

 

BioToolKit 320

BioToolKit 320 این پکیج شامل مجموعه زیادی از نرم افزارهای مفید در حوزه زیست شناسی مولکولی است. ابزارهای متعددی برای PCR، طراحی پرایمر، پروتئین، برش های آنزیمی، ژنتیک کلاسیک، ژنومیکس، آزمون های آماری و .....

 

لیست همه نرم افزارهای موجود در این پکیج در لینک زیر قابل دسترسی هستند:

http://www.changbioscience.com/biotoolkit2.html

 

توجه: این مجموعه نرم افزاری، برای اجرا شدن نیاز به برنامه جاوا ( نسخه JRE 1.4 به بالا) دارد.

 

نسخه آزمایشی (Demo) را می توانید از لینک زیر دانلود نمایید.

http://www.changbioscience.com/btk320/

 

برای نسخه کامل این مجموعه نرم افزار با ایمیل زیر مکاتبه فرمایید (قیمت 50 هزار تومان)

[e-mail]

 

معرفی و دانلود دو کتاب در حوزه ژنتیک گیاهی

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

            سیتوژنتیک گیاهی، نسخه سوم                             ژنتیک و بیوتکنولوژی گیاهی، نسخه دوم

                   سال انتشار:  2016                                                  سال انتشار:  2016   

                           دانلود                                                                    دانلود

 

Modeller

Modeller نرم افزاری برای مدلسازی مقایسه ای یا همولوژی ساختارهای سه بعدی پروتئین است. بدین منظور کاربر یک ردیف توالی را به نرم افزار می دهد تا مدلسازی با استفاده از ساختارهای شناخته شده مرتبط به آن توالی انجام شود و نرم افزار به طور خودکار یک مدل که شامل تمام اتم ها غیر از هیدروژن است را محاسبه می کند. این نرم افزار همچنین می تواند وظایف دیگری را نیز انجام دهد از جمله: مدل سازی لوپ ها در ساختارهای پروتئینی، بهینه سازی مدل های مختلف از ساختار پروتئین با توجه به تابع هدف تعریف شده، ترازبندی چندگانه توالی ها و یا ساختار های پروتئینی، خوشه بندی، جستجو توالی در پایگاه داده ها، مقایسه ساختارهای پروتئین و غیره .. استفاده کرد. نرم افزار روی سیستم عامل های ویندوز، Mac و لینوکس قابل نصب می باشد.

توجه: نرم افزار مبتنی بر نوشتن خط دستور (command line) است و گرافیکی نیست. از اسکریپت زبان برنامه نویسی پایتون (Python) برای اجرا استفاده می کند.

نسخه های گرافیکی آن بصورت تجاری در دسترس هستند که می توانید آن ها را از طریق لینک زیر بیابید:

https://salilab.org/modeller/wiki/Links

این نرم افزار را می توانید بصورت رایگان از لینک زیر دانلود نمایید:

https://salilab.org/modeller/download_installation.html

توجه: با آنکه نرم افزار رایگان می باشد، ولی بایستی در سایت آن فرم ثبت نام برای دریافت لایسنس را پرکنید تا بتوانید نرم افزار را نصب نمایید.

https://salilab.org/modeller/registration.html

راهنمای استفاده از نرم افزار با مثال های مختلف از طریق لینک زیر قابل دسترسی است:

https://salilab.org/modeller/tutorial/

https://salilab.org/modeller/9.19/manual.pdf

 

SnapGene 3.2.1

SnapGene یکی از نرم افزارهای بسیار خوب برای کار با توالی ها و سازه های DNA است. به کمک این نرم افزار می توان برنامه ریزی، شبیه سازی و مستندسازی فرآیندهای PCR و کلون سازی DNA را انجام داد. از ویژگی های این نرم افزار می توان به موارد زیر اشاره کرد:

شناسایی و مشاهده ORFها و مکان های اتصال پرایمر

طراحی پرایمر برای PCR، توالی یابی یا جهش زایی (Mutagenesis)

شبیه سازی کلون سازی برشی (restriction cloning) و دیگر انواع کلون سازی

شبیه سازی جهش زایی به کمک پرایمر

شبیه سازی الکتروفورز ژل آگارز

In-Fusion® Cloning

Gibson® Assembly

Gateway Cloning

TA or GC cloning

دسترسی به فایل های نقشه انواع پلاسمیدها بصورت آنلاین

اشتراک گذاری توالی های تفسیرشده با دیگر محققان

و ...

 

نسخه آزمایشی (30 روزه) این نرم افزار را میتوانید از لینک زیر دانلود نمایید:

 http://www.snapgene.com/products/snapgene/free_trial/

 

برای نسخه کامل این نرم افزار با ایمیل زیر مکاتبه فرمایید (قیمت 50 هزار تومان)

[e-mail]