پکیج نرم افزاری 11 DNASTAR Lasergene Suite

 

DNASTAR Lasergene Suite یکی از جامع ترین و کاربردی ترین پکیج های نرم افزاری در حوزه بیوانفورماتیک است که کاربردهای زیادی در تحقیقات ژنومیکس، زیست شناسی ساختاری و مولکولی دارد. در این نسخه جدید قابلیت های متعددی نسبت به نسخه های قبلی آن افزوده شده است. در زیر به برخی از آن ها اشاره می شود:

 

آنالیز توالی DNA

• SeqBuilder : کلونینگ، طراحی پرایمر PCR، ویرایش و تفسیر (annotation)
• MegAlign Pro : همردیفی MUSCLE و نمایش تفسیر
• GeneQuest : ژن یابی، اتصال عوامل رونویسی، پیچش RNA
• MegAlign : همردیفی های Clustal، جفتی و چندگانه، فیلوژنی
• SeqMan Pro : اسمبلی و آنالیز سانگر ،SNP next-gen  و آنالیز تنوع ساختار

اسمبلی و آنالیز توالی های Next-gen

• SeqMan NGen : اسمبلی Templated و de novo، متاژنومیکس، نمونه های تکی و چندتایی
• ArrayStar : بیان ژن میکرواری، ژن Ontology، آنالیز SNP مقیاس وسیع
• QSeq : RNA-Seq، ChIP-Seq، همردیفی و آنالیز miRNA

پروتئومیکس

• Protean 3D : ساختار و motion مولکولی، آنالیز توالی پروتئین
• Protean : آنالیز توالی پروتئین
• GenVision : ارائه و تنظیم گراف ها برای انتشار و تلفیق داده ها
• EditSeq : وارد کردن فایل داده های غیرمعمول و ویرایش آن ها
• SeqNinja : ویرایش اتوماتیک توالی های تفسیر شده تکی و چندتایی
• PrimerSelect : طراحی پرایمر و پروب

و ...

 

برای نسخه کامل این نرم افزار با ایمیل زیر مکاتبه فرمایید (قیمت 50 هزار تومان)

[e-mail]

 

مستندهای ژنتیک

مستند اول، مستند کوتاهی (حدود 30 دقیقه) راجع به بیوگرافی گریگور مندل، پدر علم ژنتیک است که می توانید از لینک زیر دریافت نمایید.

 دانلود مستند مندل

 دانلود زیر نویس انگلیسی

 

مستند دوم، مستندی درباره بزرگترین کشفیات علم ژنتیک است که می توانید از لینک زیر دانلود کنید.

 

دانلود مستند کشفیات ژنتیک

دانلود زیرنویس انگلیسی

 

نرم افزار Flapjack

Flapjack نرم افزاری برای مشاهده گرافیکی داده های ژنوتیپی و هاپلوتیپی است که می تواند داده هایی با حجم بالا (مانند داده های NGS) را نیز مدیریت کند. استفاده از این ابزار آنالیز این نوع داده ها را تسهیل می سازد. این نرم افزار امکان مقایسه بین مارکرها، لاین ها و کروموزوم ها را به صورت گرافیکی فراهم می کند. ورودی این نرم افزار داده های نقشه، ژنوتیپی و صفات ارزیابی شده است. از جمله ویژگی های مهم این نرم افزار می توان به موارد زیر اشاره کرد:

نمایش گرافیکی ژنوتیپ ها و آلل های آن ها با رنگ های مختلف با توجه به حالت، فراوانی یا تشابه

نمایش حذفیات (deletions) و درجیات (insertions) داده ها

مرتب کردن و گروه بندی لاین ها با توجه به تشابه ژنوتیپی آن ها با دیگر لاین ها

همترازی داده های نقشه (مانند مکان های QTL)  با ژنوتیپ ها برای شناسایی هاپلوتیپ های مرتبط

و ...

 

این نرم افزار را میتوانید بصورت رایگان از لینک زیر دانلود نمایید:

دانلود

 

نرم افزار STRUCTURE 2.3.4

STRUCTURE نرم افزاری برای استنتاج ساختار جمعیت (inferring population structure) بر اساس یک روش گروه بندی (Bayesian) مبتنی بر مدل (Ancestry Models) با استفاده از داده های ژنوتیپی مارکرهاست. این روش در مقاله پریتچارد و همکاران (2000) معرفی شد. از کاربردهای این نرم افزار می توان به اثبات حضور ساختار جمعیت، شناسایی جوامع ژنتیکی متمایز، انتساب افراد به جمعیت ها و شناسایی مهاجران (migrants) و افراد مخلوط شده (admixed individuals) اشاره کرد.

 

این نرم افزار می تواند روی سیستم عامل های ویندوز، لینوکس و مکینتاش اجرا شود.

 

 این نرم افزار را می توانید بصورت رایگان از لینک زیر دریافت نمایید:

دانلود

 

نرم افزار 4 JoinMap

JoinMap یکی از پراستفاده ترین نرم افزارها برای آنالیز و نقشه یابی لینکاژی (پیوستگی) جمعیت ها است. از ویژگی های مهم این نرم افزار می توان به موارد زیر اشاره کرد:

پشتیبانی از انوع جمعیت های آزمایشی: BC1 ، F2 ، RIL ، DH ، DH2  و ...

تعیین گروه های لینکاژی با محاسبه پارامترهای مختلف :  LOD مستقل، P-value مستقل، فراوانی نوترکیبی، LOD لینکاژ

الگوریتم های نقشه یابی مختلف : رگرسیونی و حداکثر درست نمایی

 تعیین حد آستانه (Threshold) برای تشابه جفت لوکوس ها و پارامترهای محاسباتی

ترکیب کردن نقشه ها (Combine) و ترسیم نمودار

چندین تست تشخیصی قبل و بعد از محاسبات نقشه

و ...

 

برای دانلود نسخه آزمایشی (evaluation) این نرم افزار، به لینک زیر مراجعه فرمایید.

دانلود

توجه : نسخه آزمایشی (evaluation) این نرم افزار فقط قابلیت پشتیبانی از دو جمعیت و گروه را دارد.

 

برای خرید لایسنس این نرم افزار با ایمیل زیر مکاتبه فرمایید (قیمت 50 هزار تومان)

[e-mail]