PrimerX

PrimerX یک برنامه مبتنی بر وب (آنلاین) است که امکان طراحی اتوماتیک پرایمرهای PCR موتاژنیک (جهش زا) را برای تکنیک جهش زایی هدفمند (site-directed mutagenesis) فراهم می کند. بر اساس اطلاعات ورودی شما، این برنامه یک توالی DNA الگو را با یک توالی DNA یا پروتین که از قبل جهش مورد نظر را تلفیق می سازد، مقایسه می کند. این برنامه طراحی جفت پرایمرهای موتاژنیک را بر اساس دو نوع توالی مختلف انجام می دهد. یکی وارد نمودن یک جهش در توالی DNA الگوی شما است بطوریکه درج ها (insertions)، حذف ها (deletions) و یا جایگزین های (substitutions) جفت باز مطلوب تلفیق می شوند. این مورد برای تولید SNP های اختصاصی و Indel ها توصیه می شود. دومی وارد نمودن یک جهش درون توالی پروتئین کد شده بوسیله DNA الگوی شما است که در این حالت این برنامه پرایمرهای موتاژنیک را بر اساس همه توالی های DNA ممکن که می توانند جهش مورد نظر را کد کنند، می سازد. این مورد برای تغییر دادن یک آمینواسید خاص به دیگری توصیه می شود. همچنین این برنامه می تواند پرایمرهایی که طراحی شده اند را بررسی و خصیصه یابی نماید. در این حالت تنها شما بایستی توالی پرایمر موتاژنیک و تعداد بازهای جفت نشدنی (mismatched bases) را وارد نمایید و خود برنامه محاسبات و گزارش رشته مکمل معکوس، محتوای GC، دمای ذوب و غیره را به شما ارائه می کند.

 

برای استفاده از این برنامه آنلاین به لینک زیر مراجعه نمایید:

 

https://www.bioinformatics.org/primerx/index.htm

 

FirstGlance in Jmol

 

FirstGlance in Jmol ابزار ساده و سریعی برای مشاهده ساختار سه بعدی (3D) ماکرومولکول ها (پروتئین ها، DNA، RNA) و ترکیباتشان است. این ابزار مبتنی بر وب بوده و نیاز به نصب نرم افزار Jmol و یادگیری دستورات آن ندارد. برای استفاده از این ابزار، بایستی وارد لینک زیر شوید و کد شناسایی چهار رقمی مولکول مورد نظر که در پایگاه اطلاعاتی PDB موجود است را وارد نمایید.

 http://bioinformatics.org/firstglance/fgij/

 این نرم افزار با دارا بودن کنترل پنل های مختلف قابلیت های بسیار متنوعی از جمله نمایش اطلاعات جامعی از مدل مولکول (رزولوشن، زنجیره ها و توالی، تعداد و نوع عناصر و اتم ها و ...)، ابزارهایی برای نمایش پیوندهای دی سولفیدی و غیر کووالانسی، اندازه گیری فواصل و زاویه ها و .... فراهم می کند.

ویژگی مثبت این نرم افزار این است که بطور مداوم بروزرسانی می شود و همچنین در حالت پیش فرض بصورت غیر جاوا است و بنابراین می تواند روی گوشی های هوشمند و iPad ها هم اجرا شود.

 

RDP 4.95 Beta

 

 

Recombination Detection Program) RDP) نرم افزاری برای شناسایی و آنالیز نوترکیبی در همردیف های DNA است. از آنجاییکه نوترکیبی ژنتیکی یک فرآیند تکاملی مهم در بسیاری از انواع مختلف ویروس هاست، کاربرد این نرم افزار بیشتر در مطالعات ویروس شناسی است، اگرچه در ژنوم های دیگر موجودات مانند انسان و باکتری هم کاربرد دارد. روش های مورد استفاده شامل RDP، MaxChi، Chimaera، Geneconv، Bootscan، Siscan، 3SEQ، VisRD و BURT می باشند. فرمت های مختلف فایل همردیفی از جمله PHYLIP، GDE، FASTA، CLUSTAL، GCG، NEXUS، MEGA و DNAMAN برای این نرم افزار قابل شناسایی و باز کردن هستند.

از قابلیت های این نرم افزار می توان به موارد زیر اشاره کرد:

قرائت مکان های ORF و نام ها ازفایل های  بانک اطلاعاتی GenBank و یا از فایل های متنی

نمایش گرافیکی توالی

نمایش اطلاعات نوترکیبی

نمایش پلات نوترکیبی (شامل نمایش مکان های متغیر نوکلئوتیدی، مکان های شکست نوترکیبی و ...)

نمایش درخت فیلوژنتیکی بر اساس الگوریتم های UPGMA، NJ، FatNJ، ML، Bayesian

ترسیم انواع مختلف ماتریس

و روش های تکمیلی دیگر

 

این نرم افزار را می توانید بصورت رایگان از لینک زیر دانلود نمایید:

http://web.cbio.uct.ac.za/~darren/RDP4.95BetaBig.exe