Integrated Genome Browser 8.3.1

IGB نرم افزاری برای مشاهده و جستجوی داده های ژنومی از جمله داده های آرایه تیلینگ (Tiling array)، نتایج توالی یابی NGS، تفسیرهای ژنومی، ریزآرایه ها و ... است. قابلیت های این نرم افزار شامل:

- مشاهده داده های RNA-Seq، ChIP-chip، ChIP-seq همراه با تفسیرها و توالی ژنوم

- ارزیابی پیرایش متناوب (Alternative splicing)، تنظیم بیان ژن، تغییرات اپی ژنتیکی DNA

- مشاهده نتایج بدست آمده از همردیفی توالی ها بر روی یک ژنوم هدف، شناسایی SNP ها و بررسی کیفیت همردیفی

- ابزارهای طراحی پرایمر و آنالیز پروموتور برای توالی های ژنومی

 

گزارش ارائه این نرم افزار در ژورنال Bioinformatics در سال 2009 به چاپ رسیده است

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2759552/pdf/btp472.pdf

 

راهنمای نرم افزار به زبان انگلیسی:

دانلود راهنما

 

این نرم افزار رایگان را می توانید از لینک زیر دانلود کنید:

دانلود

 

نرم افزار ApE

نرم افزار A plasmid Editor) ApE) یک نرم افزار رایگان خیلی خوب برای مشاهده، ویرایش و آنالیز توالی های DNA است. این نرم افزار قابلیت های بسیار خوبی برای انجام آنالیزهای بیوانفورماتیکی دارد که در زیر به چند مورد آن ها اشاره می شود:

Graphic Maps

Text maps

Virtual Digests (complete/partial digest,Ladder)

Alignments (including ABI sequences)

Silent Sites

Translation

Primer Find

ORF Finder

...

نرم افزار را می توانید از لینک زیر دانلود نمایید:

دانلود

 

نرم افزار 3 MiraiBio DNASIS MAX

MiraiBio DNASIS MAX نرم افزاری بسیار خوبی برای آنالیز توالی های DNA، RNA و آمینواسید است. این نرم افزار مجموعه جامعی از ابزارهای تحلیلی توالی ها را در خود دارد. از ویژگی های این نرم افزار می توان به موارد زیر اشاره کرد:

 Launch analyses with a single click
 Edit multiple sequences simultaneously
 Easily add sequences with the new sequence input wizard
 Import numerous file formats
 Display DNA AutoSequencer trace files alongside your sequences
 Homology search
 Multiple alignment
 Restriction enzyme site search
 Primer/Probe design
 siRNA design
 Design and simulate cloning experiments in silico
 Draw genetic maps for presentation and publication
 Visually search for PCR primers, restriction sites, and motifs
 View High Quality Genetic Map
 Automated Sequence Assembly
 Manage sequences, trace data, and quality values
 Phred/Phrap (Optional)
 Create custom analysis workflows
 Process a large number of sequence files simultaneously
 Scripting and Open API

نسخه آزمایشی این نرم افزار را می توانید از لینک زیر دانلود کنید:

 دانلود

164 مگابایت

 

برای دریافت کرک نرم افزار با شماره ۰۹۱۸۳۴۱۶۴۵۷ تماس بگیرید.

قیمت کرک ۵۰۰۰۰ تومان می باشد.

نرم افزار ساخت و ترسیم درخت های فیلوژنتیکی TREECON

TREECON یک پکیج نرم افزاری است که برای ساخت و ترسیم درخت های فیلوژنتیکی بر اساس فواصل تکاملی منتج شده از توالی های نوکلئیکی و آمینواسیدی به کار می رود. الگوریتم های مختلفی برای ساخت درخت فیلوژنتیکی در نرم افزار موجود است. ریشه دار کردن درخت های تکاملی بدون ریشه و تخمین فاصله بین همه جفت موجودات (یا توالی ها) بر اساس روش های گوناگون از قابلیت های خوب این نرم افزار است.

 

این نرم افزار را می توانید بصورت رایگان از لینک زیر دانلود نمایید:

دانلود

 

کتابچه راهنمای فرمول ها و نرم افزارهای مورد نیاز برای ژنتیک دانان و بهنژادگران گیاهی

از جمله فصل هایی که در این کتاب مفید هست می توان به موارد زیر اشاره کرد:

 Diallel Analysis
Generation Means Analysis
Path Coefficient Analysis
Restricted Maximum Likelihood
Calculating Additive Genetic Correlation
Developmental Analysis
Ecovalence and Stability Variance
Genotype-by-Environment Interaction Variance
Principal Components (PC) and Additive Main Effects and Multiplicative Interaction (AMMI) Trend Analyses
Graphing GE and GGE Biplots
Conditional Mapping of QTL with Epistatic Effects and QTL-by-Environment Interaction Effects
Mapping QTL with Epistatic Effects and QTL-by-Environment Interaction Effects
Gene Segregation and Linkage Analysis
Mapping Functions
Bootstrap and Jackknife for Genetic Diversity Parameter Estimates
 

و غیره....

دانلود

 

حوزه های ساختمانی، عمل و مهندسی ژن های مقاومت به بیماری ها در گیاهان

در این مقاله مروری موضوعاتی همچون اساس ژنتیکی دفاع گیاهی، جداسازی ژن های مقاومت، ساختمان پروتئین های کد شده توسط ژن های مقاومت، انتقال پیام دفاعی، پروتئین های مرتبط با بیماری زایی و گروه بندی آن ها و ... مورد بررسی قرار گرفته است. امیدوارم مورد استفاده دوستان قرار بگیرد

دانلود

تجزیه و تحلیل داده های مولکولی از دیدگاه بررسی تنوع ژنتیکی

در این مقاله مروری که توسط استاد فرهیخته جناب آقای دکتر سید ابوالقاسم محمدی در نهمین کنگره زراعت و اصلاح نباتات ایران بصورت مقاله کلیدی ارائه شده است، روش های آماری مورد استفاده در تجزیه داده های مولکولی با تاکید بر تنوع ژنتیکی مورد بررسی قرار گرفته است. امیدوارم مورد استفاده دوستان قرار بگیرد

دانلود

نمونه سوالات تستی ژنتیک مولکولی و مهندسی ژنتیک همراه با جواب

در این وبلاگ به تازگی بخشی به نام سوالات تستی قرار دادیم که مربوط به موضوع ژنتیک مولکولی و مهندسی ژنتیک است. برای ابتدای این کار خودم نمونه سوالات تستی همراه با جواب طراحی کردم که امیدوارم به دردتون بخوره-بازدیدکنندگان محترم هم اگه تمایل به همکاری در این وبلاگ داشتند می توانند به من ایمیل بزنند و در این بخش فعالیت کنند.   این بخش هرچند وقت یکبار آپدیت می شود.

 

نمونه سوالات آنالیز بیان ژن با جواب

 

منبع: (Clark D. MOLECULAR BIOLOGY. 2010. Elsevier Press)

 

کتاب های قارچ شناسی

 

برای خرید این کتاب ها در قالب یک DVD با ایمیل زیر تماس حاصل فرمایید:

[e-mail]

 

کتاب لاتین Real-time PCR و جزوه فارسی

کتاب لاتین Real-time PCR را می توانید از لینک زیر دریافت نمایید:

 دانلود

 

همچنین جزوه فارسی مربوط به کارگاه آموزشی Real-time PCR که شامل سه فایل است، می توانید  از لینک های زیر دانلود نمایید:

بخش اول

بخش دوم

بخش سوم

 

نرم افزار DAMBE 5.0

 (DAMBE (Data Analysis in Molecular Biologyand Evolution یک پکیج نرم افزاری جدید و جامع برای آنالیز داده های زیست شناسی مولکولی و تکاملی است. ویژگی های مهم این نرم افزار به طور کلی شامل 5 بخش است:

1- عملکردهای مرتبط با بانک های اطلاعاتی و شبکه ها (شامل خواندن و استخراج توالی ها بطور مستقیم از بانک های اطلاعاتی و ...)

2- ابزارهای تبدیل و دستورزی توالی ها

3- آنالیزهای توصیفی توالی ها (فراوانی و نسبت نوکلئوتیدی، کدونی، آمینواسیدی، خصوصیات آمینواسیدی و ...)

4- آنالیزهای پایه ای مقایسات توالی ها (الگوهای جایگزینی نوکلئوتیدی،کدونی، آمینواسیدی و ...)

5- آنالیزهای پیشرفته مقایسات توالی ها (رسم درخت های فیلوژنتیکی بر اساس روش های فاصله، پارسیمونی و حداکثر درست نمایی، ترسیم بر اساس توالی های اجدادی، تست فرض ساعت مولکولی، برازش توزیع های احتمالی به داده های جایگزینی توالی و ...)

 

           گزارش ارائه این نرم افزار در ژورنال Mol. Biol. Evol. در سال 2013 به چاپ رسیده است.

 http://mbe.oxfordjournals.org/content/30/7/1720.full‎

 

برای دانلود این نرم افزار به لینک زیر مراجعه فرمایید:

  http://dambe.bio.uottawa.ca/download/DAMBEXP.msi

 

نرم افزار آنالیز داده های ژنتیکی GDA

 

(Genetic Data Analysis) GDA یکی از نرم افزارهای مشهور برای آنالیز داده های ژنتیک جمعیت (هاپلوئید و دیپلوئید) است. از ویژگی های این نرم افزار می توان به موارد زیر اشاره کرد:

 1- محاسبه آماره های توصیفی مانند:

 تعداد الل ها در هر لوکوس-تعداد آلل ها در هر لوکوس پلی مورفیک-هتروزیگوسیتی مشاهده شده و قابل انتظار-اندازه نمونه ها، شاخص تثبیت (F) و آلل های فردی

 2- رسم دندروگرام بر اساس بوت استراپ (Bootstrap) و معیارهای کلاستربندی UPGMA و Neighbor joining

 3- ترسیم ماتریس های فاصله و شباهت

 4- محاسبه شاخص عدم تعادل لینکاژی (Linkage Disequilibrium) برای جمعیت

 

دانلود نرم افزار:

 http://www.eeb.uconn.edu/people/plewis/downloads/gda-1.1.win32.zip

 

زبان برنامه نویسی Perl برای بیوانفورماتیک دان ها

یکی از مهمترین زبان های برنامه نویسی که به طور گسترده برای آنالیز داده های زیستی استفاده می شود، Perl است. از جمله ویژگی هایی که باعث محبوبیت آن در حوزه بیوانفورماتیک شده است می توان به موارد زیر اشاره کرد:

1- رایگان است

2- برنامه نویسی با آن آسان و سریع است.

3- اسکریپت های بسیار زیاد و آماده برای اکثر آنالیزهای رایج وجود دارد مانند bioPerl.

4- امکان تولید برنامه در کوتاهترین زمان وجود دارد.

 

برای دانلود زبان برنامه نویسی پرل به لینک زیر مراجعه فرمایید:

http://www.perl.org/get.html

برای آموزش پرل (شامل کتاب های رایگان، فیلم، پاورپوینت و ...) به لینک زیر مراجعه فرمایید:

http://www.perl.org/learn.html

دانلود فایل آموزش فارسی Perl:

http://setareh.netau.net/pics/bioinformatic/perl.pdf

دانلود مثال هایی از کدهای آماده:

http://www.pitt.edu/~mcs2/teaching/perl/code.html

دانلود پروژه های آماده:

http://www.pitt.edu/~mcs2/teaching/perl/projects.html

دانلود پاورپوینت های مرتبط:

http://www.pitt.edu/~mcs2/teaching/perl/ppt.html

 

کتاب آموزش نرم افزارهای آنالیز فیلوژنتیکی و ژنتیک جمعیت

 

 

برای مشاهده فهرست مطالب و همچنین خرید این کتاب به لینک زیر مراجعه فرمایید:
 

لینک

 

پاورپوینت آنالیز فیلوژنی مولکولی

پاورپوینت بسیار مفید آنالیز فیلوژنی مولکولی که شامل دو بخش است.

 

 

مطالب موجود در این پاورپوینت هاشامل:

سیستم های تاکسونومی و طبقه بندی موجودات
علم فیلوژنتیک، درخت های فیلوژنتیک
انواع نشانگرها
انتخاب صفات مولکولی
مراحل مختلف آنالیز داده های فیلوژنتیکی
خواندن درخت های فیلوژنتیکی
انواع داده ها و روش های آنالیز فیلوژنتیکی
روش های ساخت درخت
روش های پارسیمونی
روش های آماری برای ارزیابی درخت ها
و...
 

می توانید این پاورپوینت ها را از لینک های زیر دریافت نمایید:

بخش اول

بخش دوم

 

نرم افزار POPGENE

POPGENE نرم افزار محبوب و بسیار مفید برای آنالیز داده های ژنتیک جمعیت است. این نرم افزار تنوع ژنتیکی بین و درون جمعیت ها را با استفاده از مارکرهای همبارز و غالب، داده های دیپلوئید و هاپلوئید و همچنین داده های صفات کمی آنالیز می کند. این نرم افزار آماره هایی مانند فراوانی آللی، تنوع ژنی، فاصله ژنتیکی، آماره های F، ساختار چندلوکوسی و ...را محاسبه می کند.

آخرین نسخه این نرم افزار را می توانید بصورت رایگان از لینک زیر دریافت نمایید:

دانلود نرم افزار

دانلود راهنمای نرم افزار

 

نرم افزار *PAUP

PAUP* (Phylogenetic Analysis Using Parsimony) نرم افزاری بسیار کاربردی برای تجزیه و تحلیل داده های مورفولوژیکی، مولکولی و همچنین بررسی روابط فیلوژنتیکی بین گونه ها و ترسیم درخت فیلوژنتیک آن هاست. برتری این نرم افزار نسبت به دیگر نرم افزارهای مشابه در این است که می تواند روابط فیلوژنتیک را به روش پارسیمونی (Parsimony) انجام دهد.

 

برای دریافت نرم افزار با ایمیل [e-mail] تماس بگیرید. 

قیمت 50000 تومان می باشد.

 

سوالات آزمون دکتری بیوتکنولوژی و ژنتیک مولکولی سالهای 91 و 92 و 93

دانلود سوالات آزمون دکتری بیوتکنولوژی و ژنتیک مولکولی سال93

 

دانلود سوالات آزمون دکتری بیوتکنولوژی و ژنتیک مولکولی سال92

 

دانلود سوالات آزمون دکتری بیوتکنولوژی و ژنتیک مولکولی سال91

 

 

نرم افزارهایCLustalW و CLustalX

همردیفی توالی های DNA و پروتئین یکی از کارکردهای نرم افزارهای آنالیز بیوانفورماتیک است. در این راستا موسسه بیوانفورماتیک اروپا (EBI) برنامه ای رایگان برای این انجام این کار در دو پلتفرم تحت داس (DOS) و تحت ویندوز و مکینتاش ارائه داده است. برنامه CLustalW تحت DOS و لینوکس است ولی CLustalX دارای رابط گرافیکی کاربر (GUI) است یعنی تحت سیستم عامل ویندوز و مکینتاش کار می کند. این نرم افزارها برای همردیفی (Alignment) چندگانه توالی های DNA و پروتئین به کار می رود. رایگان بودن، استفاده آسان، مقایسه هزاران توالی و رسم درخت های فیلوژنتیکی از قابلیت های آن ها است.

 

 

گزارش ارائه این نرم افزارها در ژورنال بیوانفورماتیک در سال 2007 به چاپ رسیده است

http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/23/21/2947.full.pdf

همچنین این نرم افزارها بصورت آنلاین در سایت EBI قرار داده شده است که می توان از آن استفاده کرد

http://www.ebi.ac.uk/tools/clustalw2

سورس کدهای نرم افزار و همچنین فایل های اجرایی آن را می توان از ftp سایت EBI دانلود کرد

ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/software/clustalw2

 

 

فایل های آموزشی فلش (انیمیشن) مرتبط با ژنتیک و مهندسی ژنتیک

برای اجرای این فایل ها بایستی از قبل برنامه Flash Player روی سیستمتان نصب شده باشد.

 

DNA Fingerprinting

Ti Plasmid

2D gel electrophoresis

Horizontal Gene Transfer

RNAi

PCR

Steps in cloning a gene

DNA Microarray

Southern blot

cDNA

Transcription Complex and Enhancers

Bacterial Conjugation

Control of gene expression in Eukaryotes

Processing of Gene Information

lac operon

tryptophan repressor

Proofreading Function of DNA Polymerase

DNA Replication Fork

How Nucleotides are added in DNA Replication

Restriction Endonucleases

RFLP

Gene transfer in plants using Ti-plasmid

HIV replication

Meselson and Stahl Experiment

Hershey and Chase Experiment

 

سوالات آزمون دکتری بیوانفورماتیک سالهای 91 و 92 و 93

 

دانلود سوالات آزمون دکتری بیوانفورماتیک سال 93

 

دانلود سوالات آزمون دکتری بیوانفورماتیک سال 92

 

دانلود سوالات آزمون دکتری بیوانفورماتیک سال 91

 

تاریخچه و معرفی بیوانفورماتیک

توالی یابی پروتئین ها و بانکهای پروتئینی در سال 1960 مصادف با زمانیکه اینترنت برای اولین بار به وجود آمد شروع شد ولی تا سال 1965  این توالی ها به قدری کم بودند که در یک فلاپی دیسک جای می گرفتند اما پس از به وجود آمدن تکنیک های مختلف ( از جمله توالی یابی خودکار زنجیره اسید نو کلئیک و پروتئین، الکترو فورز دو بعدی، تعیین ساختار با اشعه X و ...) و توالی یابی برخی از پروکاریوتها، دانشمندان به این نتیحه رسیدند که با توجه به رشد روزافزون حجم اطلاعات برای سرعت بخشیدن به تجزیه و تحلیل اطلاعات بیشتر، جلوگیری از هدر رفتن زمان و همچنین دسترسی همگانی به اطلاعات، بایستی اطلاعات به دست آمده دریافت، پردازش و تفسیر گردد و به وسیله کامپیوتر طبقه بندی شود تا در نهایت بتواند درسطح جهانی و به طور رایگان در دسترس محققین و کسانی که در زمینه های مربوطه کار می کنند قرار گیرد تا از آنها بهره جویند. در این راستا رشته جدیدی با عنوان بیوانفورماتیک به وجود آمد. اصطلاح بیوانفورماتیک که شامل دو واژه بیو به معنای زیست و انفورماتیک به معنای داده های مربوط به کامپیوتر است که از سال 1980 رونق گرفت. به طور کلی بیوانفورماتیک علم نوینی است که در آن با استفاده از علوم ریاضی، آمار و کامپیوتر، (نرم افزارهای کامپیوتری و بانکهای اطلاعاتی) سعی می گردد تا به مسائل بیولوژیکی بخصوص در زمینه های سلولی و ملکولی پاسخ داده شود در امتداد این علم بانکهای مختلفی(NCBI,DDBJ.EMBL. PDBو...) وجود دارند که توالیهای اسید نوکلئیک و پروتئینها را بطور مختلط یا جداگانه نگهداری می کنند و زمینه را برای مطالعات بیشتر ژنومی، پروتئینی، تغییرات بعد از ترجمه، اثرات متقابل پروتئینها و... فراهم می آورند و سرانجام با به وجود آمدن تکنیک های مختلف ملکولی (پرتئومیک ، میکرواری  DNA و پروتئینها ،EST ، STS و...) و سرعت تولید سخت افزارها و تحقیقات مختلف مولکولی نتایج زیادی بدست آمده که اینترنت بهترین وسریعترین ابزار جهت بررسی و استفاده از این نتایج می باشد.

کتاب آموزش ژنتیک پایه با برنامه های کامپیوتری (Learning Basic Genetics with Interactive Computer Pro

کتاب آموزش ژنتیک پایه با برنامه های کامپیوتری (Learning Basic Genetics with Interactive Computer Programs) که همراه با فایل ها و نرم افزار اختصاصی منتشر شده است، یکی از بهترین و جدیدترین کتاب های یادگیری ژنتیک پایه است که در سال 2013 ارائه شده. این کتاب شامل 11 فصل یا ماژول است که مفاهیم هر فصل را در قالب پرسش و پاسخ توضیح داده است. از نکات مثبت این کتاب، داشتن نرم افزار اختصاصی و تصاویر رنگی و ساده آن است.

دانلود کتاب

12.5MB

 

دانلود نرم افزار

  113MB

 

درسنامه تغییر دادن ژنتیکی (Genetic Modification) در گیاهان

درسنامه انگلیسی خیلی خوب راجع به تغییر دادن ژنتیکی (Genetic Modification) در گیاهان است که حدود 50 صفحه می باشد. سر فصل های آن شامل موارد زیر است:

 

Gene Cloning, General Principles

Insertional and Transposon Mutagenesis

Transformation, General Principles

Transformation in Dicotyledons

Transformation in Monocotyledons

Transformation in Plastids

Transgene Stability and Inheritance

پیشنهاد می کنم حتماً دانلود کنید

دانلود

 

Sequence Manipulation Suite

نرم افزار آنلاین Sequence Manipulation Suite یکی از بهترین نرم افزارهای آنلاین بیوانفورماتیک است که شامل برنامه ها و عملکردهایی متعددی برای دست ورزی و آنالیز توالی های DNA و پروتئین است. لینک سایت آن در زیر آمده است:

لینک

نرم افزار BioEdit

نرم افزار بیوانفورماتیک بسیار خوب که آپشن های زیادی برای ویرایش، همردیفی، دست ورزی و آنالیز توالی های DNA و پروتئین دارد. از جمله آن ها می توان به موارد زیر اشاره کرد:

درصد محتوای نوکلئوتیدها و آمینواسیدها، تبدیل رشته DNA به RNA، معکوس رشته، ترجمه رشته، پیدا کردن ORF ،ساخت پلاسمید از توالی، طراحی پرایمر، جستجوی کدون، نقشه آنزیمی، رسم ماتریس های تشابه، رسم دندروگرام و ...

این نرم افزار را میتوانید بصورت رایگان از لینک زیر دریافت نمایید:

 

دانلود

 

نرم افزار ChromasPro

یک نرم افزار بیوانفورماتیکی مفید و کم حجم که دارای قابلیت های زیر می باشد:

جستجوی ORF
ایجاد توالی مکمل یا معکوس
برش آنزیمی
ترجمه توالی
همردیفی چندگانه
تنظیم خودکار توالی بر اساس کدهای ژنتیکی موجودات مختلف

جستجو در پایگاه های داده NCBI

 

این نرم افزار را میتوانید بصورت رایگان از لینک زیر دریافت نمایید:

 

دانلود

 

ابزارهای بیوانفورماتیکی برای آنالیز توالی ژن و پروتئین

 

در فایل زیر لیستی از ابزارهای بیوانفورماتیکی برای آنالیز توالی ژن و پروتئین همراه با لینک آن ها فراهم شده است

امیدوارم مفید واقع شود

دانلود

 

نرم افزار DNAClub

یک نرم افزار بیوانفورماتیکی مفید و کم حجم که از جمله قابلیت های آن می توان به موارد زیر اشاره کرد:

1- تبدیل توالی های DNA الگو به رشته مکمل، به رشته مکمل معکوس و ترجمه رشته

2- برش توالی های با آنزیم های محدود کننده و رسم نقشه آن

3- طراحی پرایمرهای مناسب برای PCR با قابلیت های تعیین پارامترهای آن

 

این نرم افزار را میتوانید بصورت رایگان از لینک زیر دریافت نمایید

 

 دانلود

 

نرم افزار DARwin و راهنمای فارسی کار با نرم افزار

داروین (DARwin) نرم افزاری برای آنالیز تنوع ژنتیکی و فیلوژنتیکی بر اساس ویژگی عدم تشابه تکاملی است. به عبارت دیگر این نرم افزار بیشتر روی توصیف ساختار تنوع بر مبنای روشهای مبتنی بر فاصله تاکید دارد. در این نرم افزار توابع متعددی برای استخراج و تبدیل ماتریس های عدم تشابه از داده های حاصل از نشانگرهای مولکولی و صفات کمی و کیفی موجود است.

به طور کلی این برنامه شامل چهار قسمت است:

1-    اندازه گیری عدم تشابه (dissimilarity)
2-    ساخت درخت از روی ماتریس عدم تشابه
3-    نمایش درخت و ویرایش آن
4-    مقایسه درخت ها

این چهار بخش مستقل از هم هستند که داده های ورودی(input data) خود رامدیریت می کنند یا می توانند این داده ها را از بخش های دیگر دریافت کنند.

 

لینک دانلود نرم افزار

http://darwin.cirad.fr/Download.php

 

راهنمای فارسی کار با نرم افزار

دانلود