Recombination Detection Program) RDP) نرم افزاری برای شناسایی و آنالیز نوترکیبی در همردیف های DNA است. از آنجاییکه نوترکیبی ژنتیکی یک فرآیند تکاملی مهم در بسیاری از انواع مختلف ویروس هاست، کاربرد این نرم افزار بیشتر در مطالعات ویروس شناسی است، اگرچه در ژنوم های دیگر موجودات مانند انسان و باکتری هم کاربرد دارد. روش های مورد استفاده شامل RDP، MaxChi، Chimaera، Geneconv، Bootscan، Siscan، 3SEQ، VisRD و BURT می باشند. فرمت های مختلف فایل همردیفی از جمله PHYLIP، GDE، FASTA، CLUSTAL، GCG، NEXUS، MEGA و DNAMAN برای این نرم افزار قابل شناسایی و باز کردن هستند.

از قابلیت های این نرم افزار می توان به موارد زیر اشاره کرد:

قرائت مکان های ORF و نام ها ازفایل های  بانک اطلاعاتی GenBank و یا از فایل های متنی

نمایش گرافیکی توالی

نمایش اطلاعات نوترکیبی

نمایش پلات نوترکیبی (شامل نمایش مکان های متغیر نوکلئوتیدی، مکان های شکست نوترکیبی و ...)

نمایش درخت فیلوژنتیکی بر اساس الگوریتم های UPGMA، NJ، FatNJ، ML، Bayesian

ترسیم انواع مختلف ماتریس

و روش های تکمیلی دیگر

 

این نرم افزار را می توانید بصورت رایگان از لینک زیر دانلود نمایید:

http://web.cbio.uct.ac.za/~darren/RDP4.95BetaBig.exe