PrimerX یک برنامه مبتنی بر وب (آنلاین) است که امکان طراحی اتوماتیک پرایمرهای PCR موتاژنیک (جهش زا) را برای تکنیک جهش زایی هدفمند (site-directed mutagenesis) فراهم می کند. بر اساس اطلاعات ورودی شما، این برنامه یک توالی DNA الگو را با یک توالی DNA یا پروتین که از قبل جهش مورد نظر را تلفیق می سازد، مقایسه می کند. این برنامه طراحی جفت پرایمرهای موتاژنیک را بر اساس دو نوع توالی مختلف انجام می دهد. یکی وارد نمودن یک جهش در توالی DNA الگوی شما است بطوریکه درج ها (insertions)، حذف ها (deletions) و یا جایگزین های (substitutions) جفت باز مطلوب تلفیق می شوند. این مورد برای تولید SNP های اختصاصی و Indel ها توصیه می شود. دومی وارد نمودن یک جهش درون توالی پروتئین کد شده بوسیله DNA الگوی شما است که در این حالت این برنامه پرایمرهای موتاژنیک را بر اساس همه توالی های DNA ممکن که می توانند جهش مورد نظر را کد کنند، می سازد. این مورد برای تغییر دادن یک آمینواسید خاص به دیگری توصیه می شود. همچنین این برنامه می تواند پرایمرهایی که طراحی شده اند را بررسی و خصیصه یابی نماید. در این حالت تنها شما بایستی توالی پرایمر موتاژنیک و تعداد بازهای جفت نشدنی (mismatched bases) را وارد نمایید و خود برنامه محاسبات و گزارش رشته مکمل معکوس، محتوای GC، دمای ذوب و غیره را به شما ارائه می کند.

 

برای استفاده از این برنامه آنلاین به لینک زیر مراجعه نمایید:

 

https://www.bioinformatics.org/primerx/index.htm